Агдамская мечеть - одно из немногих зданий в городе-призраке Агдама, которое не было разрушено во время Нагорно-Карабахской войны.
Мечеть была построена по проекту архитектора Кербалаи Сафихана с 1868 по 1870 год. Построена в типичном карабахском стиле, с каменными колоннами, двухэтажными галереями и куполообразным потолком.
В 1992 году здесь располагался временный морг.
В результате военных действий и мародерства были снесены крыша и чердак мечети, уничтожены окна, двери, внутренняя отделка, даже мраморный пол.
В июне 2010 года Андрей Галафьев, фотограф, посетивший мечеть в 2007 году, сообщил, что "пол в мечети полностью загрязнен навозом крупного рогатого скота, который днем бродит по развалинам Агдама"
В ноябре 2010 года правительство Нагорного Карабаха объявило, что мечеть и ее окрестности были очищены. Они также объявили, что мечеть Агдама, а также мечети Шуши были отремонтированы.