Более ста лет его грязи используют в санаториях КМВ, но из-за опреснения озера возникла опасность снижения их лечебных свойств. Дело в том, что на опреснение озера Тамбукан в первую очередь влияет лесополоса, посаженная в 60-е годы ХХ века в степной зоне береговой линии. Она препятствует ветровому и естественному испарению дождевой воды, которая попадает в озеро и снижает уровень его минерализации. В последние несколько десятилетий эксперты предлагали различные варианты решения проблемы опреснения Тамбукана. Предложенные специалистами Корпорации развития Северного Кавказа и АО «Кавминкурортресурсы» меры решают целый комплекс острых экологических проблем, связанных с опреснением Тамбукана. Технология, связанная с применением мембранных насосов, будет использоваться для отвода пресной воды. Из-за меньшей своей плотности она концентрируется на поверхности озера. Насосы настроят так, что в них попадут только молекулы пресной воды, а солёная будет возвращаться в озеро. Инженеры станут в постоянном режиме контролировать и поддерживать необходимый уровень солёности озера, что в итоге сохранит бальнеологические свойства грязи. При этом очищенную пресную воду будут перенаправлять на хозяйственно-бытовое водоснабжение близлежащих посёлков. Пока жители там вынуждены пить воду повышенной жёсткости. Немаловажно и то, что запуск проекта не потребует строительства дорогостоящих стационарных очистительных сооружений.
С поверхности Тамбукана будут собирать дождевую или пресную воду. Для её дальнейшей очистки намерены применять небольшие современные высокопроизводительные очистные сооружения модульного типа. Первый заместитель Министра Российской Федерации по делам Северного Кавказа Одес Байсултанов прокомментировал: «В последние десятилетия учёные предлагали различные варианты снижения уровня пресной воды в озере, но всякий раз они оказывались слишком дороги. Эффективность этого проекта еще предстоит оценить, но уже сейчас понятно, что он не потребует масштабных финансовых вложений».