В протоколах, по которым оформляли их предполагаемого главаря - Евгения Ефимова – также нашли некоторые нестыковки.
Накануне в Санкт-Петербурге прошли слушания об избрании меры пресечения для трех фигурантов дела: уроженца Дагестана Шамиля Омаргаджиева, уроженца Ингушетии Алисхана Эсмурзиева и гражданина Таджикистана Фируза Калавурова. Отрицание вины им не помогло - их арестовали сроком на месяц, как и просило следствие. При этом обвинение им предъявлено не было. На момент задержания не было найдено необходимых улик.
На суде все трое отрицали свою связь с найденным оружием и взрывчаткой. Двое заявили, что предметы им подбросили, а третий просто указал, что не знает, откуда запрещенное взялось.
Планирование теракта в Казанском соборе они также не признали.
Позже стало известно и о первых нестыковках в сообщениях о задержании предполагаемого главаря Евгения Ефимова.
О деле "питерских исламистов" общественность узнала, когда ФСБ опубликовало видео его признания.На нем Ефимов говорил: "Собирался совершить теракт в городе Санкт-Петербург. Я должен был, значит, сделать взрывчатку и... ну как бы расфасовать ее по бутылкам и прикрепить какие-то поражающие элементы".
В материалах уголовного дела и судебных документах время задержания Ефимова указано как час ночи 14 декабря. Однако его адвокат Александр Почуев заявил, что Ефимова задержали утром 13 декабря. На видео с признанием также видно, что задержание происходило при свете дня. На основании этого появились предположения, что видео может оказаться постановочным.
По утверждению следствия, законспирированная ячейка сторонников "Исламского государства" (запрещенная организация в России) планировала совершить 17 декабря подрыв смертника в Казанском соборе. Теракт удалось предотвратить буквально накануне. Участниками ячейки названы семеро.
