Впрочем, вскоре выяснилось, что это лишь прикрытие: в 2008 году Израиль включил IHH в в список террористических организаций, обвинив в военной поддержке «Хамаса». А в 2010 году турецкий фонд стал основным организатором «Флотилии свободы», пытавшейся прорвать
блокаду Сектора Газа.
В сфере интересов организации была и Чечня: как указывал еще в 2006 году специалист по терроризму Эван Колманн из Датского института международных отношений, IHH под видом гуманитарных акций, вероятно, обеспечивать трафик наемников на территорию
воюющей республики.
Потому совсем уж неудивительным на этом фоне выглядит то, что в июле 2006 года именно IHH провела поминки по убитому в ходе спецоперации ФСБ Шамилю Басаеву в стамбульской мечети Фатих, собравшие якобы десятки тысяч человек. Любопытно, что новость-фоторепортаж о поминках, первоначально размещенная на сайте IHH, затем была удалена.